Durante el siglo XIX, los seculares tiras y aflojas por la administración del territorio altzatarra entre Donostia y nuestro pueblo tienen ya un aire claramente contemporáneo. La administración municipal actual comenzaba entonces a echar sus primeras raíces y Altza, con su terreno perfectamente amojonado y sus 150 caseríos, constituye Ayuntamiento propio e independiente en 1821. Tras varias aboliciones y reconstituciones, la Diputación de Gipuzkoa le reconoce definitivamente en 1879 como poblado independiente. El título de villa llegará en 1910.

Sin embargo, Donostia no abandona sus intenciones anexionistas, todo lo contrario; en 1915, consigue que el Ayuntamiento de Altza admita la unión. La ciudad manifiesta expresamente su interés por hacerse con terreno en su periferia y poder construir cuarteles militares. En estos años, Altza tiene, además de caseríos por lo que hoy conocemos (pero que entonces no lo eran) como barrios de Intxaurrondo, Larratxo o Bidebieta, otros núcleos de población, que son el Casco, Molinao, Buenavista, Herrera, Mirakruz y Martutene.
La acción vecinal altzatarra echa por tierra este proyecto.

Primeramente, a 29 de agosto de 1915, 100 personas capitaneadas por Pedro de Arzak, irrumpen en el pleno y entregan un escrito contrario a la anexión, avalado por 47 firmas de personajes notables.

Y, más tarde, la consulta, a 7 de noviembre de 1916, entre los vecinos con derecho a voto es también contraria a la unión: 5 a favor (seguramente los representantes municipales firmantes del acuerdo), 288 en contra, 275 abstenidos.

Donostia seguirá insistiendo en 1916 con los terrenos para cuarteles en Ategorrieta, uno de los límites de la ciudad con nuestra villa; incluso algunos concejales quieren llevar el tema a Cortes, lo que se impide desde el propio ayuntamiento donostiarra. Comienza a dibujarse una posible alternativa que tiene partidarios en ambas villas: el cambio de los límites de Altza; en concreto, que se limite a una segregación en Mirakruz.

La definitiva anexión se fragua tras el triunfo franquista en la guerra.

Altza es integrada en Donostia y sus representantes en el Ayuntamiento donostiarra son Corcuera y Roteta. El triste 19 de abril de 1940, en su toma de posesión, comparan Altza con "un muchacho fuerte y robusto que necesita del cariño y entusiasmo de los demás para desempeñar la misión que dentro del Ayuntamiento de San Sebastián habrá de desarrollar". Es decir, Altza ya no es dueña de su destino, se encuentra en minoría de edad y tiene que cumplir lo que le manden de fuera. Esta misión que le han diseñado consiste en, por un lado, servir al interés de la nación española y, por otro, servir al interés de una Donostia que busca expandirse urbanísticamente hacia el Este, (también pretendió anexionar Pasaia) avanzando hacia el puerto y sobre los terrenos rurales de Altza que desde su perspectiva no son bien aprovechados.Desde 1939 se habla de ‘ventajas’, tales como:

o Aumento del empleo gracias a las obras públicas
o Construcción de chalets para nuevos residentes acomodados
o Existencia de medios ultrarrápidos de comunicación
o Servicios intermunicipales
o Turismo, divisas, pasajeros del puerto
o Proyecto de aeropuerto
o Ejemplo de la nación española en la resolución de problemas urbanísticos

En contrapartida ofrecen la realización de varios servicios urbanos que Altza no va a poder crear, debido a la situación en que se encuentra tras la guerra. Afirman, además, que el crecimiento no va a realizarse a expensas de la población del campo, que no existirán aglomeraciones industriales de gentes que menosprecien el lugar donde vayan a vivir ni que se dejen sugestionar por ideas ‘nefastas’.

Hoy podemos valorar bien lo acertado o no de todos estos cálculos para convertir Altza en un barrio modélico en lo urbano y en lo social. Las palabras de Segundo Casares en 1924, aportando datos de población (4000 habitantes) y de gestión (servicios puestos en marcha en los últimos 15 años) que demostraban la viabilidad de Altza independiente, suenan proféticas: "DECLARAR OFICIALMENTE QUE DOS PUEBLOS SON UNO MISMO CUANDO SUS VIDAS HAN PERMANECIDO SEPARADAS HASTA EL MOMENTO DE LA DECLARACIÓN, Y CUANDO EXISTE NATURAL ANTAGONISMO ENTRE SUS INTERESES MUNICIPALES POR SER UNO DE ELLOS PRINCIPALMENTE RURAL Y EL OTRO URBANO, ES SIMPLEMENTE CREAR ARTIFICIALMENTE UN MUNICIPIO, QUEBRANTANDO LOS AFECTOS NATURALES DE LOS VECINOS DE ALZA A SU PROPIO PUEBLO".